“经方派”跟“时方派”的分水岭是从金朝的张元素开始的，他沿袭了这个华佗和孙思邈这个五脏六腑的辩证跟分类的系统之外，还把用药也套上了这个系统！
张元素年代之前的本草书中哪一味本草会入到哪里、补到哪里，其实是很少很少的，这种资料是很散杂的，没有刻意强调。可是到了张元素他给了中国的药学一个所谓的“药队”的观念，也就是所谓的“归经”。比如说，如果肝脏虚的话，他就会说补肝的药是：山茱萸，五味子。心脏有热的话：栀子，黄连。或者是石膏能够退胃火。或者什么药，能够退小肠火。
张元素特别地提出，某个药会入某个脏某个腑，然后某一些药一定会入到哪里去，帮这些药做了归经。其实这也算是一个观察点。比如说酸的药确实比较容易跟肝脏起作用，就是一些很西医化的中医研究也能够研究到这种东西。
可是张元素这样的用药方法拍板定案以后，中医就会开始比古时候的经方理念多出一种用药的思考。这个思考导致了现在的中医，一边把脉，一边会想说：“哦，这个人心脏有火，心火旺的话，退心火要加黄连。那黄连的能量还不是直接集中在心，有可能在胃，有可能在心，所以我要把黄连的药性集中一点，再加点菖蒲，把黄连锁定在心这边。然后他的胃那有一点虚，所以就要再加一点补脾胃的药，再加一点白朮好啦，或者加一点甘草、人参啊。然后下焦有一点湿，所以加一点泽泻，加一点茯苓，加点车前子。然后看看他的肝怎么样？啊，肝血不够，当归也要加一点。”然后这样加加加……最后一帖八十几味的药就完成了。药房非常高兴。
这样的一种思考所开出来的方，就有一点搏运气的调子。所谓的时方派，他的疗效好像比经方派要不明显。就是因为，他们学会了这个系统以后，开始忘掉了人体的呼应结构。而把人拆成五脏六腑去开药。这个跟中医嘲笑西医的神经科只会看神经，耳鼻喉科只会看眼睛，鼻子不是差不多吗？把一个整体的人也拆掉了。
在这样一个五脏六腑的辩证跟开药的系统里面，中医渐渐地就忘掉了那个原本的五脏阴阳虚实的理论是怎么一回事。原本的五脏阴阳虚实是一个非常灵活的整体观念的东西。可是在张元素之后一直到今天，慢慢的在中医界的表面舞台消失了。然后就变成，大家就对着这个脏开药，造成药与药的呼应结构变得很差。这大概就是如今的这个“时方派”。
中医进入了时方派的时代以后，就再也不熟悉张仲景的那些方剂在干什么了。比如说桂枝汤——桂枝跟芍药是形成一个呼应的结构的。生姜跟大枣也是一个呼应的结构的。可是用时方派观念去看桂枝汤的话，大枣就是滋补脾胃；生姜是驱除风邪湿邪；桂枝就是会走到手臂上驱风；芍药是养肝血，收敛元气。就会觉得，好像这个方治感冒不太会有效的样子嘛！
在张元素之后产生了金元四大家。这四大家继承了张元素的思考而发扬光大。虽然各有各的用药方法，有人喜欢用寒凉的药，有人喜欢用滋阴的药，有人喜欢用补土的药，补土就是补脾胃的药。但基本上他们就是张元素的这个思考的延续，而五脏相传的那个治法，就慢慢在中医的世界淡掉了。
在中国金元四大家之后，中国就开始进入时方派的时代。时方的意思就是随着时代的演变后来创出来的方。那么中国进入了时方派，一直向中国学习医术的日本，大概在十六世纪初的时候也进入了时方的时代。他们称之为“后世方派”。这个时代的中医喜欢“裱框装框”。什么是裱框装框？就是医生在写书开药的时候，动不动就引述古籍经典装裱门面，表示自己尊崇古籍，知识渊博，医术精湛！这种做法不一定是错，但是也不一定是很尊重古籍经典！不思考全篇理论只抓取一小段出来引经据典其实有危险性的。
可是却害了非常认真地去接受中国情报的日本医师，他们就觉得：时方派的中国医师，真专业，每一个病都会去推敲跟经典的病机的关联，这才叫做“追本溯源”呐！张仲景的书什么道理都不讲。就是只给一些症状跟药，这个不讲道理不行！我们必须要找到这个中医的源头，把道理搞清楚，所以日本的“后世方派”，也被称之为“溯宗派”，他们认为自己是真正地遵循古经典的派。
中国“时方派”开始以后，中医的总体疗效在下降。在下降当中医生就会作出一些代偿反应：尽量地要多讲一点，什么心阳虚、脾阳虚，这种病人听不懂却很玄奥的黑话。全部是引自《黄帝内经》、《素问》、《灵枢》这种伟大的话。后来就变成医生的嘴巴越来越厉害，医术越来越不行。日本的十六世纪后期，就重新有日本医生——就是“古方派”，要重新振兴张仲景的医学。“古方派”就是我们中国人说的“经方派”。中国出现了时方系统以后，有一些医者也慢慢觉得这个系统有点怪，每当要去找回一些什么的时候，就会去读张仲景的书重新回到六经辨证上。